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私は、毎月４０時間以上の長時間の残業をしています。業務が忙しく、残業をしなければ仕事がまわりません。
会社は、わざわざ残業を指示することはありませんでしたが、私の業務が多忙であり、残業しなければ仕事が終わらないことを知っています。
会社に対して、残業代を請求したところ、会社は、残業指示をしていないので、残業代を支払う必要がないと言って、残業代を支払ってくれません。

会社からの残業指示がなければ、残業したとしても残業代を支払ってもらえないのでしょうか？

会社からの明示の残業指示がなかったとしても、それだけでは残業代を支払わない正当な理由にはなりません。

会社が、労働者が残業をしていたことを知っていた、あるいは知り得たにもかかわらず、それを黙認していた場合には、会社から黙示の残業指示があったものとして、残業代を請求することができるでしょう。

また、会社が、労働者が残業せざるを得ないくらいの大量の仕事を指示していた場合にも、会社から黙示の残業指示があったとして、残業代を請求することができるでしょう。